VNDB được yorhel (tên thật là Yoran Heling) tạo ra vào tháng 9 năm 2007.[4] Sau khi đọc xong bộ visual novel Ever 17: The Out of Infinity, yorhel nhận ra rằng chưa có cộng đồng người đam mê visual novel được thành lập, hoặc nơi nào đó có thể tìm ra nhiều người như vậy. Anh tạo ra VNDB trong vòng 3 tuần như một nơi tập trung để mọi người tìm kiếm và thảo luận về visual novel. Một trong những game cũ nhất được ghi lại trên vndb là Lolita Yakyuuken, một eroge phát hành vào năm 1982 cho máy tính PC-88.[5][6] Eroge này được tin là visual novel đầu tiên,[7] tuy nhiên do thiếu nhiều yếu tố của visual novel nên nó đã bị xóa khỏi cơ sở dữ liệu.[8] Sau 1 năm, vndb đã ghi chép được dữ liệu của 1000 bộ visual novel.[9]